Водные настои и отвары полыни обыкновенной обладают успокаивающим, противосудорожным, противолихорадочным, кровоостанавливающим, жаропонижающим, ранозаживляющим и общеукрепляющим действием, стимулируют работу пищеварительных органов, повышают аппетит. Полынь препятствует действию гистамина, повышающему проницаемость капилляров. Полынь обыкновенную также как и полынь горькую применяют для стимуляции выделения желудочного сока и работы кишечника, она способствует оттоку желчи и улучшает работу печени. Ее даже предпочтительнее применять, так как у нее нет горького вкуса. Ее применяют как болеутоляющее и успокаивающее средство при неврастении, кишечных коликах. Полынь обыкновенная входит в состав микстуры Здренко для лечения папилломатоза мочевого пузыря и анацидных гастритов. Также полынь принимается при бессоннице, судорогах, бронхиальной астме; как болеутоляющее, потогонное, противоглистное, успокаивающее и как средство, повышающее аппетит; при почечнокаменной болезни; наружно – при рахите, для орошения воспаленных слизистых оболочек полости рта, для лечения язв и долго незаживающих ран. Полынь считается противогнилостным и очищающим средством. Ее также применяют при геморрое, мочекаменной болезни и других заболеваниях почек, желчного пузыря и печени, при нервных расстройствах, например при головокружении и повышенной раздражительности. В народной медицине обыкновенную полынь считали действенной при эпилепсии, а надземная часть и корни полыни обыкновенной применялись в виде экстракта при раке желудка, прямой кишки и матки.
Полынь используется в банных запарках, в смесях для ванн для улучшения состояния кожи, в косметических маслах и лосьонах для кожи, а также как средство для ополаскивания волос для их роста и красоты.
В магии это сильнейшая трава – чернобыльник. Издавна ее использовали на Руси : она охраняла дом, двор и людей от сглаза и от злых духов, ее развешивали в домах и вокруг них, вплетали в заборы, бросали в купальские костры. Накануне Купалы рвали ту траву, вили из нее венки, смотрели сквозь них на зажженный костер и надевали на голову. Считалось, что кто это сделает – у того целый год не будут болеть ни голова, ни глаза. Отваром чернобыля, собранного на Купалу, обмывали коров, чтобы они были здоровы и давали больше молока. Полынь очищает пространство и обостряет сверхчувствительное восприятие. Чернобыльник кладут под подушку, чтобы увидеть вещий сон. Его настоем обмывают магические предметы и инструменты. Окуривание и омовение этой травой очищает пространство и разум, способствует ясновидению, проясняет ум. В старинных травниках чернобыльник называют «матерью всех трав» и «травиной над травинами». Очень полезен чай с полынью и медом.